Retour à la fin du combat fratricide d’Antiquities. Urza veut se venger des machines qui ont corrompu son frère, les Phyrexians. Ce sont d’anciens Thrans, dévorés par la Phtisie, une maladie issue de la création des lithoforces. Leur leader, Yaugzebul, s’est à la base isolé là pour tenter de la soigner sans risque de contagion, mais a finalement décidé d’en tirer parti pour gagner en puissance. La seule porte interplanaire entre Dominaria et Phyrexia avait été scellée à l’aide des lithoforces qu’Urza et Mishra ont récupérées. À peine préparé, Urza débarque sur la première des neuf sphères qui composent le plan de Phyrexia (elles sont creuses et incluses les unes dans les autres) et se fait très vite submerger. Il fuit chez Serra, où les Phyrexians le suivent afin de finir le taff. Il s’enfuit à nouveau pour retourner sur Dominaria et élaborer un plan plus fin (pas dur).

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Maintenant qu’il sait que les phyrexians peuvent à nouveau envahir le monde (mais pas tout de suite, il leur faut générer un plan artificiel appelé Rajh), Urza réfléchit à une stratégie au long terme capable de les repousser, et finit par mettre au point un ensemble d'artefacts, l'Héritage, qui, fonctionnant ensemble, produiraient une magie suffisante pour combattre les Phyrexians. C'est à cette époque que l'Aquilon et Karn sont construits. Urza va même jusqu’à absorber un plan dans une lithoforce pour créer le « moteur » de l’Aquilon.

Urza fonde une académie pour former des disciples (dont Téfeiri), et manipule les lignées génétiques de plusieurs grandes familles de Dominaria afin qu'elles engendrent de grands héros dans l'avenir, capables de combattre les Phyrexians ; mais ces derniers ont découvert les projets d'Urza et les sabotent ; l’un des seuls survivants de ce projet, des siècles plus tard, n'est autre que Gerrard.