Je contrôle sur le champ de bataille Frère de bande d'Ajani et j'attaque avec 2 Faucon de nuit vampire qui infligent des blessures de combat. Je peux mettre 2 marqueurs +1/+1 sur Frère de bande d'Ajani ?

Oui. Le trigger du Frère se déclenchera autant de fois que tu as des sources différentes qui te font gagner des PV.
Dans ton exemple tu gagnes 4 PV et tu mets 2 marqueurs.