Une créature ayant la protection contre le noir est elle protégée contre les sorts noirs qui ne la cible pas, comme par exemple Damnation ?

non, ça ne protège pas de damnation.
mais empêcher d'être ciblé n'est pas la seule chose que fait la protection. elle prévient aussi les blessures (par ex, Peste ne fera pas la moindre blessure à une créature noire bien que sa capacité ne cible pas), empêche d'être enchanté/équipé/fortifié (si tu donnes la protection contre le blanc a une de tes créatures qui était enchantée d'un Pacifisme, l'aura sera mise au cimetière), et empêche de déclarer une créature pour bloquer la créature protégée.

Lyo : Merci pour ta réponse. En complément, la protection contre une couleur protège-t-elle une créature lancée, donc encore dans la pile, des contres de cette couleurs ?

Non car la créature n'a la protection que lorsqu'elle est sur le champ de bataille (sauf si le contraire est précisé mais je ne connais pas d'exemple).

Ce n'est pas exactement ça la raison. Une capacité sur une carte de permanent, comme ici une protection sur une carte de créature, ne fonctionne en général que lorsque la carte est un permanent sur le champ de bataille, pas dans les autres zones. Les exceptions sont les capacités et mécaniques qui disent explicitement qu'elles fonctionnent dans une autre zone ou ne font sens que dans une autre zone (par exemple l'embaumement ne fonctionne que dans le cimetière).

La protection ne fonctionne donc pas sur une carte dans la pile et elle peut ainsi être contrecarrée par une carte dont elle serait protégée sur le champ de bataille.

Merci pour la rectification, je me suis dit aussi après coup que je commettais une imprécision en disant ça :p